Die Kirche von Jenesien wurde etwa zur Mitte des 15. Jahrhunderts erbaut und ist dem Hl. Genesius, dem Hl. Sylvester und der Hl. Margaretha geweiht.
1186 wurde die Kirche St. Genesius erstmals urkundlich erwähnt, jedoch weist ein erhalten gebliebenes Kollektar auf die Entstehungszeit im 9. oder 10. Jahrhundert hin.
Seit 1328 wird die Kirche vom Benediktinerstift Gries aus betreut. Eine Neuweihe der Kirche mit vorhergehendem Umbau fällt in das Jahr 1465. Die Bauphase wurde von Goldeggern finanziell unterstützt, weshalb sie das Anrecht der Grablegung im Gotteshaus erhielten.
Notwendig gewordenen Reparaturen widmete man sich 1555 und 1556. Bald danach, in den Jahren 1572/73 erfolgte ein Umbau, bei dem der Sarkophag der Goldegger entfernt wurde.
Der Turm wurde markant im Wechsel mit roten und weißen Sandsteinquadern in den Jahren 1481 bis 1492 gebaut. Der Spitzhelm wurde erst 1608 aufgesetzt.
Der Kirchenbau im jetzigen Erscheinungsbild geht auf den Umbau aus der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts zurück. Pfarrer Untertrifaller beauftragte die Umgestaltung in den Jahren 1838/39. Die Weihe wurde im Jahr 1847 gefeiert.